在运输过程中，如果牡丹苗裸露在阳光之下，长时间被风吹，容易造成牡丹苗水分流失，质量降低，加速死亡速度。所以，在运输中避免水分的流失和蒸发，对保证牡丹苗的成活率有很大作用，这就要求我们必须注意牡丹苗的包装与运输。
包装材料
一般情况下，牡丹苗运输时间较长时，需要进行精细的包装，常用的包装材料有：草包、蒲包、聚乙烯袋、密封度较好的麻袋和纸袋，集运箱等。
包装方法
可用包装机或手工包装。包装时先将湿润物放在包装材料上，然后将牡丹苗根对根放在上面，并在根间加些湿润物如（苔 藓，湿稻草，湿麦秸等）；或者将牡丹苗的根部蘸满泥浆。这样放苗到适宜的重量，将牡丹苗卷成捆，用绳子捆住。
也可将牡丹苗在起苗时带上土球，为了防止土球碎散，以减少根系水份损失，所以挖出土球后要立即用塑料膜、蒲包、草包和草绳等进行包装。
苗木的运输
运输途中押运人员要和司机配合好，尽量保证行车平稳，运苗途中提倡迅速及时，短途运苗中不应停车休息，要一直运至施工现场。长途运苗应经常给牡丹苗根部洒水，中途停车应停于有遮荫的场所，遇到刹车绳松散，苫布不严等情况应及时停车处理。
运输时注意的问题
如果是短距离运输，牡丹苗可散在筐篓中，在筐底放上一层湿润物，筐装满较后在牡丹苗上面再盖上一层湿润物即可。以防牡丹苗根不失水为原则，如果长距离运输，则牡丹苗根一定要蘸泥浆，带土球的苗要在枝叶上喷水。再用湿苫布将牡丹苗盖上。
无论是长距离还是短距离运输，要经常检查包内的湿度和温度，以免湿度和温度不符合植物运输。如包内温度高，要将包打开，适当通风，并要换湿润物以免发热，若发现湿度不够，要适当加水。另外，运苗时应选用速度快的运输工具，以便缩短运输时间；有条件的还可用特制的冷藏车来运输。只有合理的运输才能保证足够的存活率，减少损失，扩大经济效益。